所谓系统目录就是指操作系统的主要文件存放的目录，目录中的文件直接影响到系统是否正常工作，了解这些目录的功能，相信对你更好的使用系统会有很大的帮助。以下介绍的目录若不做特殊说明，在Win 98/ME系统下，它们在Windows目录中，在Win 2000系统下，他们在Win NT目录中。

　　All Users文件夹:

　　Win 98/ME所有用户文件夹，里面里面包括系统缺省登录时的桌面文件和开始菜单的内容。

　　Win 2000在Win 2000的系统目录中没有这个文件夹，Win 2000将用户的信息放在根目录下的Documents and Settings文件夹中，每个用户对应一个目录，包括开始菜单、桌面、收藏夹、我的文档等等。

　　Application Data文件夹:

　　Win 98/ME应用程序数据文件夹。包括任务栏中的快捷方式，输入法的一些文件等等。根据你系统中使用不同的软件，该目录中的内容也有所不同。

　　Win 2000在Documents and Settings文件夹中，每个用户都对应一个Application Data文件夹，同样每个用户由于使用的软件不同，目录内容也相同。

　　Applog文件夹:

　　Win 98/ME应用程序逻辑文件目录。逻辑文件是用来记录应用软件在运行时，需要调用的文件、使用的地址等信息的文件。要查看这些文件，用记事本打开即可。

　　Catroot文件夹:

　　Win 98计算机启动测试信息目录，目录中包括的文件大多是关于计算机启动时检测的硬软件信息。

　　Win ME该文件夹位于系统目录的system目录中。

　　Win 2000该文件夹位于系统目录的system32目录中。

　　Command文件夹:

　　Win 98/ME DOS命令目录。包括很多DOS下的外部命令，虽说都是些小工具，但真的很好用，特别是对于系统崩溃时。

　　Win 2000这些DOS命令位于系统目录的system32目录中。

　　Config文件夹:

　　Win 98/ME/2000配置文件夹，目录中包括一些MIDI乐器的定义文件。

　　Cookies文件夹:

　　Win 98/ME Cookies又叫小甜饼，是你在浏览某些网站时，留在你硬盘上的一些资料，包括用户名、用户资料、网址等等。

　　Win 2000每个用户都有一个Cookies文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中。

　　Cursors文件夹:

　　Win 98/ME/2000鼠标动画文件夹。目录中包括鼠标在不同状态下的动画文件。

　　Desktop文件夹:

　　Win 98/ME桌面文件夹。包括桌面上的一些图标。

　　Win 2000这个文件夹在系统目录中也存在，同时在Documents and Settings文件夹的每个用户目录中还有"桌面"文件夹。